旗是正黄旗、镶黄旗和正蓝旗。两黄旗的旗主是皇太极，而正蓝旗的旗主是努尔哈赤的第五子爱新觉罗·莽古尔泰，后来莽古尔泰暴病而亡，使他这一旗的力量便大大衰弱。
多尔衮辅政之后与济尔哈朗一商量，将正蓝旗降入下五旗，而将他的同母的弟弟多铎所率领的正白旗升入上三旗。原来属于皇帝亲自率领的两黄旗，如今就归幼主福临继承。但福临尚在幼年，两旗的重大问题都由多尔衮代为决定。有时多尔衮也通过两宫皇太后加以控制。就这样上三旗的指挥权也完全落入他的手中。
满洲政权的多年传统是各部中央衙门分别由亲王、贝勒管理，称之为“十王议政”。多尔衮与济尔哈朗一商量，于是召集诸王、贝勒、贝子、公、大臣会议，当众宣布停止这一传统制度。大家听了以后，议论纷纷，但是慑于多尔衮的威势，又不得不表示同意。
自从努尔哈赤于明万历四十四年建立后金政权，定年号为天命元年开始，由爱新觉罗皇族的贵族共同听政，改为各职官分管朝政，听命于皇帝。这一次的政治体制改革，是满洲政权的一大改革，也是多尔衮走向个人独裁的重要一步。
多尔衮在个人独裁的道路上一步步前进，而济尔哈朗却步步退让。凡有重大决定，都是多尔衮自己决定之后，再告诉郑亲王济尔哈朗，由郑亲王向朝中大臣们宣布，命大家遵行不误。
郑亲王虽然对多尔衮的步步进逼很不甘心，但是事实上多尔衮在朝臣中的威望日隆，又掌握着拱卫盛京的上三旗兵力，许多朝中趋炎附势的大臣都向睿亲王靠拢，他很不甘心做多尔衮手中一个工具。
他知道多尔衮与肃亲王豪格二人势不两立，二人必将有一次严重的斗争。虽然豪格是先皇帝的长于，又是一旗之主，但是一，豪格他的智谋和威望不如多尔衮，二，多尔衮身居辅政亲王的崇高地位，又有顺治皇帝的母亲在宫中给他支持，济尔哈朗看出来豪格将来必然会大祸临头。
他已是皇室斗争中的惊弓之鸟，暗中叮嘱他手下的亲信官员们千万不要同肃王府的人员有任何来往，只可暗中探听消息，不可在人前露出风声。同时他知道睿亲王身有暗疾，经常服药，而且在朝臣中招来不少人的暗中忌恨。他预料到将来迟早会有那么一天，睿亲王也会有倒霉的时候，所以他在表面上忍气吞声，而在心中恨恨地说：“咱们骑驴看唱本，走着瞧！”
甲申正月的一天，济尔哈朗按照多尔衮的意思，召集内三院、六部、都察院、理藩院全部堂官，用下命令的口气说道：“我今日召见各位大臣，不为别事，只是要面谕各位，以后各衙门办理事务，或有需要禀报我们两位辅政亲王的，都要先启禀睿亲王；奏折书名，先书写睿亲王的名字，将本王的名字写在后边。坐立朝班和行礼的时候，睿亲王在我的上边，不可乱了。你们都听清了么？”
众大臣都明白这不是一件平常的事，而是预示今后的朝政会有一个巨大的变化。大家心中凛然，互相交换了一个眼色，一齐躬身答道：“喳！”
经过这件事情以后，多尔衮在大清国独裁专政的体制上又向前跨进一步，原来议定的他与郑亲王共同辅政的体制变了，郑亲王的地位突然下降，成了他的助手。多尔衮瞒着济尔哈朗，从一开始就将实现他的专政野心同亲自率清兵南下占领北京这一扩张野心联系在一起考虑。
如今他向独专朝政的目标日益接近，只有两件事等待实现：一是给肃亲王豪格一次致命的打击，拔掉他在爱新觉罗皇族中的心腹之患；二是在出兵之前将他的称号改称摄政王，而不是辅政王。
其时，在大清国的文武大臣中，有很多人分不清摄政与辅政的性质区别，在称谓上常常混乱。多尔衮则遇事留心，勤于思考，又常同像范文程这样的汉臣谈论，长了知识，所以他明白摄政虽然也是辅政，但真正含义绝不同于辅政。
他也知道当皇帝尚在幼小年纪，不能治理国家时，有一位亲族大臣代皇帝全权处理朝政，没有皇帝之名，而有皇帝之实，这就叫做摄政。
清太宗皇太极死后，多尔衮经过一连串的精心运作，开始独占满清大权。使得这个割据在东北一隅的新兴王国依然是朝气蓬勃，对长城内的花花世界虎视眈眈，准备着随时趁明朝危亡之机进入中原，占领大明的京师，恢复四百年前大金朝的盛世荣光。
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